秘书处设秘书长1人，副秘书长、干事若干人；秘书处负责处理产业分会日常工作。
中药房自动化产业分会工作职能
1、组织医疗单位、企业、相关协会、科研与教育机构等围绕中药煎药服务产业发展的关键问题，开展煎药服务相关技术合作。
2、建立煎药服务网上平台，实现煎药服务市场资源的有效分工与合理衔接，形成一批业内有实力有品牌的煎药服务企业。
3、全力研究煎药服务业务，引导产业分会内成员将分会产品思路和自身优势相整合，聚焦产品研发和生产，构建煎药服务相关服务体系，加速煎药服务新科技新成果的商业化运用，提升煎药服务医疗单位、相关企业的整体竞争实力。
4、联合培养煎药服务产业相关人才，加强人员的交流互动，大力推动煎药服务业务市场的不断增长。
5、促进煎药服务标准化工作进程，规范煎药服务技术及操作规范，提高现代化煎药设备使用效率。
6、提高煎药服务质量水平，全面开展中医药相关服务，提高中医药服务质量水平。
7、籍于传统中医药、诊疗技术、互联网及全球化等的快速及整合发展需要，不断延伸扩展新兴业务、新兴技术，建立论坛会议、网络媒体、平面载体等沟通平台，推动产业分会不断向更高层次发展。
8、形成产业分会成员定期沟通磋商机制，对重大问题形成决议，对分会的发展共同献计献策，对全球传统中医药发展全力提供支持与推动。